Representación de orbitales

El modelo de la derecha corresponde al archivo ethane-staggered-3-21G.log.  Para seguir esta explicación, puedes usar la miniaplicación de la derecha o bien descargar el archivo y abrirlo en la aplicación Jmol.

1. Abre el archivo en la aplicación Jmol (ya está hecho si decides usar la miniaplicación de la derecha).
2. Avanza hasta el último “fotograma”, pues el programa de química cuántica con el que se preparó este archivo sitúa la información de orbitales optimizados ahí.  Usa el menú superior de la aplicación: Herramientas > Animación > Una vez  o bien el menú emergente de la aplicación y la miniaplicación: botón derecho, o Ctrl+clic en ratones de un solo botón, > Modelo > elige el último.
3. Activa el giro de la molécula.  Utiliza el menú emergente: botón derecho > Giro > Sí.  Deberías ver una molécula animada similar a la que ves al pulsar el siguiente botón:

4. Haz que se muestre el primer orbital.  Tanto en la aplicación como en la miniaplicación, usa el menú emergente: botón derecho > Superficies > orbitales moleculares > 1...25 > #3 -1.013.  Así se verá el tercer orbital, cuya energía es de -1.013 Hartrees.  El modelo debe ser como el que se obtiene al pulsar el siguiente botón:

5. Ahora muestra los dos HOMO (orbitales moleculares más altos ocupados).  Éstos son los orbitales degenerados n.^os 8 y 9.  Utiliza el menú emergente: botón derecho > Superficies > orbitales moleculares > 1...25 > #8 -0.4773  y  botón derecho > Superficies > orbitales moleculares > 1...25 > #9 -0.4773.  Los botones siguientes muestran lo que debes haber conseguido:

6. Muestra el LUMO (orbital molecular más bajo desocupado), que es el n.º 10.  Utiliza el menú emergente: botón derecho > Superficies > orbitales moleculares > 1...25 > #10 0.274.  El siguiente botón muestra lo que debes haber conseguido:

Hay muchas más opciones para mostrar orbitales, utilizando las instrucciones “mo” e “isosurface” en la consola de guiones.  Aquí tienes una guía breve de cómo usar instrucciones en la consola.  Aquí hay documentación detallada sobre todas las instrucciones disponibles.

Using directory /Users/jonathan/Documents/Presentations/BCCE 2008/How-To/How to Display Orbitals
adding JmolPopIn.js
...jmolApplet0
...adding Spin_On.png
...copying /Users/jonathan/Documents/Presentations/BCCE 2008/How-To/ethane-staggered-3-21G.log to /Users/jonathan/Documents/Presentations/BCCE 2008/How-To/How to Display Orbitals/ethane-staggered-3-21G.log
...adding Spin_On.spt
...jmolApplet1
...adding Molecular_Orbital_3.png
...copying /Users/jonathan/Documents/Presentations/BCCE 2008/How-To/ethane-staggered-3-21G.log to /Users/jonathan/Documents/Presentations/BCCE 2008/How-To/How to Display Orbitals/ethane-staggered-3-21G.log
...adding Molecular_Orbital_3.spt
...jmolApplet2
...adding HOMO_1_(MO8).png
...copying /Users/jonathan/Documents/Presentations/BCCE 2008/How-To/ethane-staggered-3-21G.log to /Users/jonathan/Documents/Presentations/BCCE 2008/How-To/How to Display Orbitals/ethane-staggered-3-21G.log
...adding HOMO_1_(MO8).spt
...jmolApplet3
...adding HOMO_2_(MO9).png
...copying /Users/jonathan/Documents/Presentations/BCCE 2008/How-To/ethane-staggered-3-21G.log to /Users/jonathan/Documents/Presentations/BCCE 2008/How-To/How to Display Orbitals/ethane-staggered-3-21G.log
...adding HOMO_2_(MO9).spt
...jmolApplet4
...adding LUMO_(MO10).png
...copying /Users/jonathan/Documents/Presentations/BCCE 2008/How-To/ethane-staggered-3-21G.log to /Users/jonathan/Documents/Presentations/BCCE 2008/How-To/How to Display Orbitals/ethane-staggered-3-21G.log
...adding LUMO_(MO10).spt