Uso de instrucciones en la consola de guiones

El modelo de la derecha corresponde al archivo ethane-staggered-3-21G.log.  Para seguir esta explicación, puedes usar la miniaplicación de la derecha o bien descargar el archivo y abrirlo en la aplicación Jmol.

1. Abre la ventana (o consola) de guiones.  En la aplicación utiliza el menú superior (Archivo > Guión...) o bien, tanto en la aplicación como en la miniaplicación, el menú emergente (botón derecho del ratón, o Ctrl+clic si el ratón tiene un solo botón, > Consola).  En la aplicación se abrirá así una ventana con el aspecto de la figura 1 y en la miniaplicación, como el de la figura 2.
   

   Figura 1: Consola de guiones tal como se muestra en la aplicación Jmol.
   

   Figura 2: Consola de guiones tal como se muestra en la miniaplicación Jmol.
2. Uso de instrucciones.  La consola de guiones es la interfaz de instrucciones de Jmol (su “línea de comandos”).  En la variante de la aplicación, escribe las instrucciones tras el indicador "$". El texto que escribas aparacerá en rojo hasta que corresponda a una instrucción válida.  En la variante de la miniaplicación, escribe la instrucción en la parte inferior de la ventana; en este caso, no hay verificación de sintaxis como en la aplicación.  Pulsa la tecla <intro>, <enter> o <return> para activar la orden.  Inténtalo con algunas de estas instrucciones de uso frecuente:
   • "spin on" hará que la molécula comience a girar de forma continua.
   • "spin off" detendrá el giro.
   • "moveTo 0 {0 0 0} 0" devolverá la molécula a su posición inicial.
   • "select carbon" seleccionará los átomos de carbono del archivo.
   • "select hydrogen" seleccionará los átomos de hidrógeno del archivo.
   • "select all" seleccionará todos los átomos del archivo.
   • "select none" eliminará la selección de todos los átomos.
   • "color green" coloreará en verde oscuro todos los átomos seleccionados.  No verás nada a menos que antes hayas seleccionado algunos átomos.  Puedes elegir otros nombres de colores en inglés (blue, red, orange, violet, pink, purple, cyan,  magenta, indigo, yellow, gray, white, black).
   • "measure allconnected (*)(*)" mostrará las longitudes de todos los enlaces de la molécula.
   • "set echo top left; echo "un texto" " mostrará las palabras "un texto" en la esquina superior izquierda de la ventana de Jmol.  Las posiciones disponibles son las combinaciones de "top", "middle" o "bottom" con "left", "center" o "right".
   • "echo "" " ocultará el último texto mostrado o modificado con una instrucción "set echo".
   • "select all; label on" etiquetará todos los átomos con su identificador (símbolo y número de orden).
   • "select hydrogen; label off" ocultará las etiquetas de todos los átomos de hidrógeno.
   • "mo #" mostrará el orbital molecular cuyo número de orden sea # (un número entero).  El último modelo del archivo de ejemplo contiene orbitales desde el n.º 1 al 19; prueba algunos.
   • "mo color green yellow" colorea los dos lóbulos del orbital en verde y amarillo, en lugar de los colores predeterminados.
   • "mo delete" elimina la representación del orbital.
   • "isosurface miSup solvent" muestra la superficie molecular para los átomos que estén seleccionados.  Esta superficie queda definida al hacer rodar una "sonda" esférica alrededor de la molécula a la distancia del radio de van der Waals de cada átomo. La sonda tiene un radio por defecto de 1,2 Å.  No verás nada a menos que antes hayas seleccionado algunos átomos.
   • "isosurface miSup delete" eliminará la superficie con nombre “miSup” creada antes.
   • "isosurface miSup off" ocultará la superficie, aunque sin eliminarla.
   • "isosurface miSup on" mostrará de nuevo la superficie (sin necesidad de calcularla de nuevo).
   • "isosurface list" mostrará una lista de las isosuperficies que has creado.
3. Hay muchas más instrucciones, y las recién descritas tienen más opciones.
   • Adición de texto y etiquetas es una guía más detallada para añadir texto personalizado al modelo usando las instrucciones "echo" y "label".
   • Existe información completa de todas las instrucciones en la documentación de guiones interactivos de Bob Hanson.

Using directory /Users/jonathan/Documents/Presentations/BCCE 2008/How-To/Jmol Commands and Scripting
adding JmolPopIn.js
...jmolApplet0
...adding Ethane_Default_View.png
...copying /Users/jonathan/Documents/Presentations/BCCE 2008/How-To/ethane-staggered-3-21G.log to /Users/jonathan/Documents/Presentations/BCCE 2008/How-To/Jmol Commands and Scripting/ethane-staggered-3-21G.log
...adding Ethane_Default_View.spt