Tamaño y rotación
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| Figura 1: Vista del etano en conformación alternada (ethane-staggered-3-21G.log) para practicar el cambio de tamaño y la rotación. Para convertirla en interactiva, pulsa sobre el enlace incluido en la imagen. |
Para cambiar el tamaño aparente (o escala) del modelo, sitúa el puntero del ratón sobre la ventana de Jmol, mantén presionada la tecla de mayúsculas y el botón del ratón mientras lo arrastras, haca abajo para aumentar el tamaño, hacia arriba para disminuirlo. En algunos sistemas, la rueda del ratón también sirve para esto. Algunas escalas prefijadas están disponibles también desde el menú superior de la aplicación (Estilo > Tamaño > n %) y desde el menú contextual de la aplicación y de la miniaplicación (botón derecho del ratón, o Ctrl+clic si el ratón tiene un solo botón, > Tamaño > n %). Puedes probar en la aplicación Jmol o pulsando sobre el enlace incluido en la figura 1 para convertir ésta en una miniaplicación interactiva Jmol.
Para rotar el modelo, sitúa el puntero del ratón sobre la ventana de Jmol y mantén presionado el botón del ratón mientras lo arrastras. Puedes probar en la aplicación Jmol o pulsando sobre el enlace incluido en la figura 1 para convertir ésta en una miniaplicación interactiva Jmol.
Giro continuo
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| Figura 2: Vista del etano en conformación alternada (ethane-staggered-3-21G.log) para practicar el giro continuo. Para convertirla en interactiva, pulsa sobre el enlace incluido en la imagen. |
Para activar el giro continuo de la molécula con las opciones preestablecidas, utiliza el menú emergente de la aplicación o la miniaplicación (botón derecho del ratón, o Ctrl+clic si el ratón tiene un solo botón, > Giro > Sí). Puedes probar en la aplicación Jmol o pulsando sobre el enlace incluido en la figura 2 para convertir ésta en una miniaplicación interactiva Jmol.
Para detener el giro de la molécula, utiliza de nuevo el menú emergente (botón derecho del ratón, o Ctrl+clic si el ratón tiene un solo botón, > Giro > No). Puedes probar en la aplicación Jmol o pulsando sobre el enlace incluido en la figura 2 para convertir ésta en una miniaplicación interactiva Jmol.
Para conseguir el giro alrededor de otros ejes, distintos del Y, o a otra velocidad, elige la velocidad (grados por segundo) para el giro alrededor del eje deseado. Usa también el menú emergente (botón derecho del ratón, o Ctrl+clic si el ratón tiene un solo botón,> Giro > Velocidad X (Y o Z) > n). Las velocidades predefinidas son 30 para Y, 0 para X y Z. Los ejes son relativos a la pantalla: Y de abajo arriba, X de izquierda a derecha, Z de dentro afuera. Puedes probar en la aplicación Jmol o pulsando sobre el enlace incluido en la figura 2 para convertir ésta en una miniaplicación interactiva Jmol.
Tamaño de átomos y enlaces
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| Figura 3: Vista del etano en conformación alternada (ethane-staggered-3-21G.log) para practicar los cambios de tamaño de los átomos y de grosor de los enlaces. Para convertirla en interactiva, pulsa sobre el enlace incluido en la imagen. |
Para cambiar el tamaño de los átomos utiliza el menú superior de la aplicación o el menú emergente de la aplicación y la miniaplicación. Es posible elegir ciertos porcentajes fijos del radio de van der Waals. En el menú superior, Estilo > Atomo > n %. En el menú emergente (botón derecho del ratón, o Ctrl+clic si el ratón tiene un solo botón), Estilo > Atomos > n %. Puedes probar en la aplicación Jmol o pulsando sobre el enlace incluido en la figura 3 para convertir ésta en una miniaplicación interactiva Jmol.
Para cambiar el grosor de los enlaces utiliza el menú superior de la aplicación o el menú emergente de la aplicación y la miniaplicación. En el menú superior, Estilo > Enlace > n. En el menú emergente, Estilo> Enlaces > n. También puedes elegir rápidamente combinaciones comunes de tamaño de átomos y enlaces en el menú emergente: Estilo > Patrón > varias opciones. Las opciones son: Esferas CPK; Bolas y varillas; Varillas; Alambres. Esta última también está disponible en el menú superior: Estilo > Enlace > Alambres. Puedes probar en la aplicación Jmol o pulsando sobre el enlace incluido en la figura 3 para convertir ésta en una miniaplicación interactiva Jmol.
Mediciones
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| Figura 4: Vista del etano en conformación alternada (ethane-staggered-3-21G.log) para practicar las mediciones. Para convertirla en interactiva, pulsa sobre el enlace incluido en la imagen. Longitudes de enlace C-H: 0.108 nm, ángulo H–C–H: 108.1°, ángulo diedro H–C–C–H: 60.0°. |
Para medir la longitud de un enlace haz doble clic en el primer átomo: el puntero se convertirá en una cruz, "+". Mueve el puntero hasta el segundo átomo y haz doble clic en él: se mostrará la medición de distancia entre ambos átomos. Mediante en menú emergente puedes elegir como unidades nm, ángstroms o pm (botón derecho del ratón, o Ctrl+clic si el ratón tiene un solo botón, > Medición > elige una de las opciones). También puedes mostrar de una vez las longitudes de todos los enlaces usando la consola de instrucciones: "measure allConnected (*)(*)". Consulta Uso de instrucciones en la consola de guiones.
Para medir un ángulo de enlace, haz doble clic en el primer átomo: el puntero se convertirá en una cruz, "+". Mueve el puntero al segundo átomo y haz un solo clic sobre él. Muévelo entonces al tercer átomo y haz doble clic en él. Se mostrará el ángulo formado por esos tres átomos (o por sus 2 enlaces).
Para medir un ángulos diedro (el ángulo formado por dos planos, definidos por 4 átomos que forman 3 enlaces consecutivos) haz doble clic en el primer átomo: el puntero se convertirá en una cruz, "+". Mueve el puntero al segundo átomo y haz un solo clic sobre él. Muévelo entonces al tercer átomo y de nuevo haz un solo clic sobre él. Finalmente, mueve el puntero al cuarto átomo y haz doble clic en él. Se mostrará el ángulo diedro, entre el plano formado por los átomos 1, 2 y 3 y el plano definido por los átomos 2, 3 y 4.
Representaciones esquemáticas de biomoléculas
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Figura 5: ADN y región ligante del represor Lac (1lcd.pdb obtenido de Protein Data Bank ) para practicar las representaciones esquemáticas. Para convertirla en interactiva, pulsa sobre el enlace incluido en la imagen |
Para utilizar representaciones esquemáticas de biomoléculas utiliza el menú emergente. Hay diversas opciones.
En primer lugar, selecciona la parte de la estructura con la que quieres trabajar. Utiliza el menú emergente (botón derecho del ratón, o Ctrl+clic si el ratón tiene un solo botón, > Seleccionar > elige una de las opciones.)
A continuación, selecciona la representación deseada. Utiliza el menú emergente (botón derecho del ratón, o Ctrl+clic si el ratón tiene un solo botón, > Estilo > Patrón > elige una de las opciones).
Algunas ejemplos para practicar con el modelo de la figura 5:
- Representar la proteína con estilo esquemático.
- Selecciona la proteína (botón derecho > Seleccionar > Proteína > Todo).
- Elige representación esquemática (botón derecho > Estilo > Patrón > Esquemático).
- Mostrar el ADN con estilo esquemático y violeta:
- Selecciona el ADN (botón derecho > Seleccionar > Ac. nucleicos > Todo).
- Elige representación esquemática (botón derecho > Estilo > Patrón > Esquemático).
- Colorea de violeta (botón derecho > Color > Estructura > Esquemático > Violeta).
- Representar la proteína en modo esferas con sus grupos polares en rojo.
- Selecciona la proteína (botón derecho > Seleccionar > Proteína > Todo).
- Muestra como esferas (botón derecho > Estilo > Patrón > Esferas CPK).
- Colorea toda la proteína de azul claro (botón derecho > Color > Atomos > Cian).
- Colorea los residuos polares en rojo (botón derecho > Seleccionar > Proteína > Residuos polares; botón derecho > Color > Atomos > Rojo).