Las personas que trabajan con electroforesis en gel tienen cierta forma de hablar de sus experimentos. Esta página pretende ayudar a que te familiarices con el argot de uso común en el laboratorio. Realmente, no hay nada especial respecto a las palabras, salvo que han adquirido un significado muy específico, como suele ocurrir con la mayoría del vocabulario científico.
Banda :: Calle o carril :: Cargar :: Correr :: Cubeta :: Digestión :: Fragmento :: Fuente :: Peine :: Pocillo
Una calle de un gel con 8 bandas de proteínas teñidas con azul de Coomassie.
Línea (o mancha) corta y horizontal (paralela al pocillo de carga) en la foto de un gel, constituida por la agrupación de moléculas o fragmentos de DNA o proteína con un mismo tamaño. Todos los del mismo tamaño migrarán al mismo lugar del gel, formando la banda. Las bandas sólo son visibles tras la tinción del DNA o las proteínas. El DNA se revela habitualmente con un compuesto intercalante (por ej., bromuro de etidio) e iluminación con luz UV. En el caso de proteínas, se tiñen con un colorante como el azul de Coomassie.
No se debe llamar "línea" ni "raya".
Un gel con 10 calles (7 con muestra y 3 vacías); arriba se aprecian los pocillos. Gel vertical de poliacrilamida, proteínas teñidas con azul de Coomassie.
Cada zona en un gel correspondiente a la trayectoria de las moléculas componentes de una misma muestra (aplicada en un pocillo). Las moléculas de DNA o de proteína de una muestra van recorriendo la calle del gel a diferentes velocidades, dependiendo de su tamaño, y terminan ubicándose en forma de bandas separadas.
La acción de depositar una disolución con la muestra en los pocillos del gel antes de comenzar la separación por electroforesis.
↥ carga de un gel horizontal← carga de un gel vertical
De forma coloquial se habla de "correr la electroforesis" o "correr un gel" para referirnos al proceso de desarrollo de la separación electroforética de los componentes de la muestra. Corresponde al periodo en que se mantiene conectada la corriente eléctrica. Literalmente, las moléculas "corren" por el interior de la malla tridimensional del gel, desde el pocillo a lo largo de una calle del gel.
La cubeta electroforética (o tanque) es el depósito con dos compartimentos que contienen el tampón de electroforesis, entre los cuales se coloca el gel. La cubeta incorpora los electrodos entre los que se establecerá el campo eléctrico.
El proceso (y, menos estrictamente, el producto) de preparar una reacción mezclando DNA con una enzima para que lo corte (o digiera). También puede aplicarse a proteínas, en este caso empleando proteasas. Los productos de digestión se cargan en un gel para separarlos y poderlos visualizar.
Una porción o trozo de la molécula de DNA, producido mediante corte de sus enlaces fosfodiéster con una enzima de restricción. En un gel, se desplaza formando una sola banda.
Típicamente, una molécula superenrollada o una molécula abierta, lineal, no se consideran fragmentos, aunque sí formarán una banda en el gel.
La fuente de corriente es el dispositivo que proporciona una corriente eléctrica continua (transformando la corriente alterna del suministro eléctrico). Al conectarle los dos electrodos de la cubeta se establece a través de gel el campo eléctrico que impulsará a los componentes de la muestra y así producirá la separación electroforética. Normalmente, las fuentes para electroforesis permiten regular y mantener constante la diferencia de potencial (voltaje) o la intensidad de corriente.
Una pieza plana de plástico en forma de rectángulo al que se le han cortado en un lado muescas, dejando salientes o "dientes". Cada diente genera un hueco al formarse el gel, con lo que el gel acabado tiene una fila de huecos (los pocillos) adecuados para cargar en ellos la muestra.
Cada uno de los huecos creados en el gel como consecuencia de la inserción del peine, en la agarosa fundida o en la acrilamida aún no polimerizada, y su retirada tras la solidificación del gel. Los pocillos se llenan luego de tampón y se introducen en ellos las muestras de DNA o proteínas (carga de las muestras).
