Objetivos:

• Aprende a usar modelos tridimensionales interactivos en tu docencia y tu investigación
• Construye presentaciones para tus clases
• Incorpora modelos en tus páginas web
• Sácale partido a los materiales existentes (como BioROM)
• Aprovecha el potencial de PDB y otras bases de datos de estructuras moleculares
• Transforma tus páginas con modelos Chime a Jmol, un formato con futuro, compatible con todos los navegadores y sistemas operativos

Presentación:

El uso de medios informáticos para examinar de forma interactiva modelos moleculares tridimensionales posee virtudes bien conocidas para el estudio y enseñanza de bioquímica y biología molecular, así como en investigación. Muestra de ello es la existencia de innumerables páginas web con este formato, así como los visores de consulta de Protein Databank y de otras bases de datos de estructura molecular. La plataforma más extendida para este propósito es el software conector Chime (http://www.mdlchime.com) que, por su integración en la página web, permite un fácil acceso y consulta por el público. Este programa, no obstante, se ha visto limitado en los últimos años por su incompatibilidad total o parcial con los nuevos navegadores de internet y con sistemas operativos distintos de Microsoft Windows. Este impedimento puede ahora superarse gracias al desarrollo de la versión 10 de Jmol (http://jmol.org), una miniaplicación Java que es compatible con todos los sistemas operativos y programas navegadores y que admite las instrucciones existentes para Rasmol y Chime, además de nuevas funcionalidades en la representación de moléculas. A ello se suma una superior calidad gráfica, reconocimiento de más formatos moleculares y, en particular, su carácter de software libre y de código abierto, que asegura su futura evolución y compatibilidad.

Proponemos un taller para aprender, de forma completamente práctica, a utilizar este programa y, en especial, a preparar materiales de uso docente y de estudio que contengan modelos moleculares de biomoléculas. Una parte del taller se dedicará a la forma de convertir páginas que usen modelos Chime al formato Jmol (en el caso de que los asistentes hayan tenido experiencia previa con Chime).

Se requiere experiencia en la edición de páginas web, pues éste es el soporte más conveniente para diseñar estos materiales.

Debido a las limitaciones de infraestructura, es preciso inscribirse en el taller con anterioridad al congreso.

Programa:

Presentación

1. Presentación. Utilidad de los modelos en ordenador. Desarrollo de Jmol. Hardware.
2. Prestaciones de Jmol. Visión general; comparación con Rasmol y Chime.
3. Impacto de Jmol: uso en portales de bases de datos y revistas.

Jmol para usuarios y autores

4. Instalación y configuración del programa.
5. Fuentes de modelos moleculares.
6. Práctica de uso básico de Jmol: manipulación de modelos. Posibilidades y manejo del menú.

Jmol para autores

7. Práctica de incorporación de Jmol en las páginas web. Modelos y controles para interaccionar con ellos (botones, enlaces, menús, etc.).
8. Práctica de instrucciones básicas del lenguaje de guiones.

Acceso al material:

Inscripción:

El taller será gratuito pero, en principio, limitado a las personas inscritas en el congreso.

Se pretende que cada asistente disponga de un ordenador durante el taller. Para poder planificarlo, es imprescindible que los interesados se inscriban en él con anterioridad al congreso. La inscripción es gratuita y puede hacerse a través de esta página web (http://biomodel.uah.es/sebbm/2006/jmol), donde también se ofrecerá información actualizada.

Formulario de inscripción