Biomodel-5: Biopolímeros

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Conceptos generales de polímeros

• Por qué se forman hélices en las macromoléculas:
• Parámetros geométricos de las hélices:

Aprende el concepto de hélice y la diferencia entre una hélice dextrorsa y una sinistrorsa:

• Modelos de hélice dextrorsa y sinistrorsa:
• Ejercicio:

Examina la estructura helicoidal de varios biopolímeros utilizando los modelos moleculares:

Colágeno

Estudio de la estructura secundaria característica del tropocolágeno y de las fibrillas de colágeno:

Fotografías al microscopio electrónico de la estructura de las fibras de colágeno: y

Fibroína de la seda de gusano

Estudio de la estructura tridimensional de las regiones cristalinas ( [Gly-Ala-]_n ):

Espidroínas de la seda de araña

Módulo de aprendizaje activo sobre este biomaterial:

Caucho

Estructura del caucho y la gutapercha:

Estructura de ácidos nucleicos

Hélice doble: aprende el concepto y cómo también puede ser dextrorsa o sinistrorsa.

• Modelos de hélice dextrorsa y sinistrorsa:
• Examina la estructura duplohelicoidal del DNA utilizando los modelos moleculares:
  , y
• Haz el ejercicio

Conformaciones de la pentosa: examina la diferencia entre la conformación 2'-endo y la 3'-endo:

Superenrollamiento:

• Módulo de aprendizaje activo:
• Ejercicio

Estructura de polipéptidos y proteínas

Estructura de los aminoácidos: y .

Estereoisomería de los aminoácidos: aprende a diferenciar las series D y L, y su relación con la configuración absoluta (R/S): .

Estereoquímica del enlace peptídico: coplanariedad, ángulos de rotación phi y psi:
(1) , (2) y (3) [UMa, UIB].

Demostración de los ángulos diedros phi y psi con modelos interactivos:

Ejercicio de conformación y gráfica de Ramachandran:

Reglas de nomenclatura para especificar la conformación de cadenas polipeptídicas: (IUPAC-IUB JCBN)

Estructura secundaria de los polipéptidos:

• Hélices diversas: comparación entre alfa, pi, 3₁₀
• Láminas beta:

Secuenciación de polipéptidos: ejercicios

Estructura de oligosacáridos y polisacáridos

Modelos moleculares de mono-, di-, oligo- y poli-sacáridos: y (UIB).

Más modelos moleculares de oligosacáridos y polisacáridos naturales: .

Determinación de la estructura: ejercicio .

Nomenclatura recomendada: IUPAC-IUBMB Joint Commission on Biochemical Nomenclature (JCBN).

Biosíntesis de ácidos nucleicos

La estructura y función de la transcriptasa inversa:

Síntesis química de oligonucleótidos

Ejercicios:

Biosíntesis de proteínas y péptidos

El código genético .

Estructura molecular tridimensional del ribosoma y .

Estructura del RNA de transferencia: .

Esquemas animados de síntesis de proteínas .

Estructura tridimensional de péptidos cíclicos .

Síntesis química de péptidos

Nomenclatura recomendada:

Ejercicios:

Plegamiento de proteínas

Estructuras supersecundarias (UMH)

Manojo o haz de 4 hélices y efecto hidrófobo .

Carabinas moleculares

Complejo GroEL:GroES (familias Hsp60 y Hsp10)

• Modelos moleculares: .
• Cambios conformacionales:
• Página en PDB Molecule of the Month:

Análisis de conformación de macromoléculas

Historia de versiones:

Septiembre 2019 : reparación de fallos en las páginas de fibroína de la seda y colágeno.

Agosto 2014 - Biomodel5v3 : adaptación para usar JSmol (sin necesidad de Java) v.14.3

20 nov 08 - Biomodel5v2f : adición de algunos enlaces que faltaban a secciones de Biomodel-1 con Jmol. Retirada de los modelos con Chime (quedan en una página independiente).

1 oct 08 - Biomodel5v2e : arreglos en la página de seda de araña para compatibilidad con Firefox 3 e Internet Explorer 7.

10 may 07 - Biomodel5v2d : utiliza Jmol 11.0.2

23 nov 06 - Biomodel5v2c : utiliza Jmol 10.2

1 mar 06 - Biomodel5v2b : retoques de código para adaptarlo a nueva versión de Jmol (10.00.48). Versión incluida en BioROM2007.

19 sep 05 - Biomodel5v2a : optimización de código.

5 sep 05 - Biomodel5v2 : se añaden versiones para Jmol, paralelamente a las que usan Chime.

8 jul 05 - Biomodel5v1a : algunos retoques.

1 jun 05 - Biomodel5v1 : versión incluida en BioROM2006.