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Advertencia:
La pregunta nº 17 (en el grupo B) sólo tiene sentido y puede responderse si la guía está utilizando uno de los dos modelos disponibles para la guía. El responsable de la web o el profesor pueden decidir cuál de ellos se muestra, mediante una modificación sencilla de uno de los archivos o bien visitando distintos servidores. Explicación detallada.
Las respuestas a las preguntas están disponibles bajo petición por correo electrónico al Profesor Eric Martz, siempre que se demuestre la identidad como profesor (por ejemplo, indicando una página web institucional en la que figure el listado de profesores).
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(Avanzado)
En esta guía se ofrecen dos modelos de ADN alternativos. Puedes comprobar cuál de ellos se está usando abriendo el menú emergente de Jmol (clic con el botón derecho, o bien clic sobre el logotipo Jmol de la esquina inferior derecha del panel) y fijándote en el primer elemento, que será bien 1D66 o dna.
(a) El archivo clásico 1d66-pwz.pdb (modificado por Eric Martz a partir de 1d66.pdb, para la antigua guía de ADN que usa Chime).
Este modelo tiene un error en C28, cuya base está girada de modo que es un lado incorrecto el que se enfrenta a la base complementaria G11.
Usando las prestaciones de Jmol, se trazan enlaces de H largos entre los átomos correctos, en C28 y G11, que están muy distantes en el modelo; los enlaces de H resultantes, anormalmente largos, son similares a los que traza automáticamente Chime.
Martz aprovechó esta anomalía para elaborar la pregunta nº 17 para alumnos.
Para utilizar este modelo, visita la copia de la guía en la Universidad de Massachusetts (sólo disponible en inglés).
Si instalas la guía en tu propio servidor, para usar este modelo: abre el archivo utils.js en un editor de texto y, cerca de la línea 29, elimina las dos barras (//) antes de var DNAmodel = "1d66-pwz.pdb" y añade dos barras antes de var DNAmodel = "dna.pdb". Guarda los cambios y carga de nuevo la página de la guía.
(b) Un nuevo archivo dna.pdb (modificado por Angel Herráez a partir de 1d66-pwz.pdb) con la posición de C28 corregida, que forma enlaces de H normales de Watson-Crick en Jmol.
La pregunta para alumnos nº 17 no tiene sentido en este modelo y no se puede responder.
Para utilizar este modelo, visita la copia de la guía en la Universidad de Alcalá.
Si instalas la guía en tu propio servidor, para usar este modelo: abre el archivo utils.js en un editor de texto y, cerca de la línea 29, añade dos barras (//) antes de var DNAmodel = "1d66-pwz.pdb" y elimna las dos barras antes de var DNAmodel = "dna.pdb". Guarda los cambios y carga de nuevo la página de la guía.