¿Cómo se hizo? (explicación avanzada)
Alrededor de la estructura se muestra la superficie molecular, específicamente la excluida al disolvente (SES), o superficie de Connolly [1]. Sobre ella se aplica uno de los mapas de colores en gradiente:
El potencial electrostático molecular
(MEP) se calcula
como la suma de los cocientes, para todos los átomos, entre carga parcial y distancia hasta cada punto
particular de la superficie. En Jmol, isosurface solvent map mep [2]
El potencial hidrofóbico molecular
(MHP) o potencial lipofílico molecular (MLP)
es una aproximación basada en datos empíricos de constantes atómicas de hidrofobia
obtenidos a partir de los coeficientes de reparto (logP) entre disolventes polares y apolares
generalmente agua / n-octanol, obtenidos experimentalmente para varios compuestos.
Se asume que
MHP tiene cierta dependencia de la distancia, para lo cual se han propuesto varios modelos; aquí
se usa uno exponencial: e−d [2,3]. En Jmol, isosurface solvent map mep 3
- Surfaces in Jmol
- Jmol Scripting Documentation (isosurfaces)
- Fauchère et al., 1988 doi: 10.1016/S0263-7855(98)80004-0