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herramientas, trucos, etc. para el autor de páginas web, en especial con modelos moleculares

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STR3DI32, programa de modelado molecular y mecánica molecular http://www.exorga.com/

Dónde conseguir moléculas

Macromoléculas

• PDB (Protein DataBank) http://pdb.org
• NDB (Nucleic Acid Database) http://ndbserver.rutgers.edu
• World Index of Molecular Visualization Resources http://molvisindex.org (sección “Molecules: Sources of PDB Files”)
• Molecular Models for Biochemistry at Carnegie Mellon University (aminoácidos, proteínas, canales y bombas , nucleótidos, ácidos nucleicos, ribosoma, nucleosoma, factores de transcripción, glicólisis, ciclo de Krebs) http://www.bio.cmu.edu/Courses/BiochemMols/BCMolecules.html
• (Occasional) Molecules of the Month http://www.ch.ic.ac.uk/motm/ (variados)
• Molecules of the Month Bristol http://www.chm.bris.ac.uk/motm/motm.htm (de todo)

Micromoléculas

• World Index of Molecular Visualization Resources http://molvisindex.org (sección “Molecules: Sources of PDB Files”)
• Klotho -  Biochemical Compounds Declarative Database http://www.biocheminfo.org/klotho
• MolecularModels.ca, Dave Woodcock, Okanagan University College http://www.molecularmodels.ca (orgánicas, inorgánicas, colorantes alimentarios, anticonceptivos, venenos, fármacos, chicle, productos naturales, aromas)
• 3DPSD, A. Dobashi, Tokyo University of Pharmacy and Life Science (base de datos de estructuras tridimensionales de fármacos) http://www.pharmis.org/3dpsd/pluginindex.htm
• (Occasional) Molecules of the Month http://www.ch.ic.ac.uk/motm/ (colorantes, antifúngicos, viagra... y más)
• Molecules of the Month Bristol http://www.chm.bris.ac.uk/motm/motm.htm (de todo)
• Chemistry, Structures & 3D Molecules @ 3Dchem.com Dr. Harrison, Dept. Chemistry, University of Oxford http://www.3dchem.com/ (1600 estructuras inorgánicas, quelatos, fármacos, y otros)
• The Virtual Museum of Minerals and Molecules http://www.soils.wisc.edu/virtual_museum/displays.html (inorgánicas, orgánicas, componentes del suelo, quelatos, metaloproteínas, pesticidas, herbicidas, contaminantes...)
• Chem.com http://chem.com/structures (orgánicas)
• Molecules with Silly or Unusual Names http://www.chm.bris.ac.uk/sillymolecules/sillymols.htm (3 páginas llenas de moléculas diversas con nombres chocantes o malsonantes)
• Inorganic Crystal Structure Database http://icsd.ill.fr/icsd o http://icsdweb.fiz-karlsruhe.de (inorgánicas; acceso gratuito a una parte de la colección)
• ChemIDPlus: http://chem.sis.nlm.nih.gov/chemidplus/
• Base de dades de Models Moleculars de Aula-Laboratori Virtual http://phobos.xtec.net/fmas/modules.php?name=pdb
• Microbiología! (outside) Molecular Insanity - Microbiología en 3D - Argentina http://www.microbiologia.com.ar/micro3d/moleculas.php
• Chemistry at Wellesley College - Alphabetical Listing of Molecules, Dr. W. F. Coleman (inorgánicas y orgánicas) http://www.wellesley.edu/Chemistry/Flick/molecules/newlist.html
• Structures of Inorganic Crystals - Chemistry at Louisiana State University, Dr. Maverick http://www.chem.lsu.edu/lucid/maverick/crystals.htm
• Molecular structures at Steve's Place - Steve Cook http://www.steve.gb.com/science/molecules.html (orgánicas, inorgánicas y biomoléculas)
• Japanese Pharmacopoeia Name and Structure Database - http://moldb.nihs.go.jp/jp/index.html
• Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) LIGAND Database http://www.genome.jp/kegg/ligand.html (biomoléculas, fármacos, glicanos, reacciones bioquímicas, nomenclatura de enzimas)
• CoolMolecules: A Molecular Structure Explorer http://www.stolaf.edu/depts/chemistry/mo/struc/
• The Dundee PRODRG2 Server http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/programs/prodrg/ (Servidor que convierte a los formatos GROMOS, GROMACS, WHAT IF, REFMAC5, CNS, O, SHELX, HEX y MOL2. Además, genera coordenadas para los átomos de hidrógeno ausentes. Entrada como PDB, texto con formato especial, o dibujado en la propia página usando JME)
• DrugBank http://redpoll.pharmacy.ualberta.ca/drugbank/ (Mucha información de fármacos; incluye archivos MOL, SDF y PDB, y visualización 3D con WebMol)
• Cambridge Structural Database - Cambridge Crystallographic Data Center. http://www.ccdc.cam.ac.uk/ (acceso limitado)
• American Mineralogist Crystal Structure Database - Mineralogical Society of America & Mineralogical Association of Canada. http://rruff.geo.arizona.edu/AMS (Estructuras publicadas en las revistas American Mineralogist, The Canadian Mineralogist, European Journal of Mineralogy y Physics and Chemistry of Minerals)
• Mineralogy Database http://www.webmineral.com
• CRYSTMET - Toth Information Systems. http://www.tothcanada.com/databases.htm (estructuras y datos cristalográficos de metales, aleaciones, intermetales y minerales; base de datos y programa para consultarla; se descarga)
• Database of Zeolite Structures - Structure Commission of the International Zeolite Association. http://www.iza-structure.org/databases (zeolitas)
• ChemFinder database http://chemfinder.cambridgesoft.com/reference/chemfinder.asp (acceso limitado)

Construir tus propias moléculas dibujándolas

• Si usas Windows:
  1. Dibuja la molécula con ChemSketch.
  2. Optimízala a 3D en ChemSketch (en el menú superior, "Tools > 3D structure optimization" o bien el botón equivalente en la barra de herramientas).
  3. Grábala a formato MOL (en el menú superior, "File > Export > MDL molfiles").
• En cualquier sistema, en línea:
  • CDK Web: dibujo de fórmula en 2D, o importación de archivos en formatos diversos. Generación de una estructura 3D y visualización en Jmol, con posibilidad de guardar el modelo.
  • CORINA 3D: dibujo de fórmula en 2D (usando JME) o entrada de notación SMILES. Optimización a 3D en el servidor. Exporta PDB.
    1. Consigue la notación SMILES para la molécula (búscala en internet o genérala desde el programa de dibujo de fórmulas del que dispongas; también puedes dibujarla en el editor de CORINA).
    2. Visita el servidor CORINA 3D y dibuja allí la fórmula o pega la notación SMILES, solicitando la optimización 3D.
    3. El servidor te proporcionará un modelo 3D en formato PDB; grábalo.
• Dibujo de fórmulas en 2D:
  • En Windows, instalando ChemSketch.
• En línea, JME (Java Molecular Editor): en Java. Sólo 2D. Utilizando JavaScript puede importar MOL y exportar MOL y SMILES.
• En línea, PubChem Server Side Structure Editor: en Java. Sólo 2D. Similar a JME pero más completo en opciones. Importa SMILES, InChI, ¿otros?. Exporta MOL, SMILES, PNG, GIF, WMF, SVG, EPS, otros. Añade y quita hidrógenos.
• JChemPaint: en Java. Sólo 2D. Programa autónomo en Java y miniaplicación para páginas web.