Para interpretar la foto de un gel de agarosa con DNA, lo primero es entender cualitativamente cómo las bandas que se ven en el gel se relacionan con los fragmentos de DNA. En esta figura tenemos una molécula circular (un plásmido) de 6,8 kb que tiene dos sitios de reconocimiento para una enzima concreta.
La animación muestra que la ubicación de los sitios de corte determina el tamaño de los fragmentos producidos. Las moléculas de DNA grandes viajan despacio a través del gel, mientras que las moléculas pequeñas viajan más aprisa. El gel está orientado de modo que las bandas más lentas (moléculas mayores) estén arriba; se puede apreciar cómo la posición de las dos bandas en el gel depende de la posición de los sitios de corte en el plásmido.
La calle o carril de la derecha es un conjunto de patrones de DNA, obtenidos por digestión de una molécula grande de DNA (49 kb) con una enzima de restricción. Se conoce el tamaño de todos estos fragmentos, y se ha anotado junto al gel. Comparando los fragmentos desconocidos de la primera calle con estos patrones, podemos determinar el tamaño de los fragmentos desconocidos.