Los sitios de restricción son secuencias específicas de una molécula de DNA que son dianas para el corte por una ENZIMA DE RESTRICCIÓN. En esta figura, una molécula circular de 6,8 kb (un plásmido) tiene dos sitios de reconocimiento para una enzima concreta y es atacada por moléculas de esa enzima. Cada molécula de enzima es capaz de cortar muchas moléculas de plásmido.
El producto de la digestión completa (el corte en ambos sitios o dianas) es una pareja de fragmentos, en este ejemplo con tamaños de 5,5 kb y 1,3 kb.