En un experimento de cartografía por restricción de un plásmido, este DNA se corta con varias enzimas de restricción, solas y en parejas, para determinar el número de sitios de corte y sus posiciones relativas sobre el círculo plasmídico.
El DNA cortado (o digerido) se separa en un gel de agarosa y se determinan los tamaños de los fragmentos mediante comparación con los tamaños de moléculas conocidas (los "patrones") situadas en otra calle del gel.
Los fragmentos se organizan en forma de mapa comparando los tamaños de fragmentos en las calles donde se cortó con una sola enzima (digestiones simples) con los de las calles donde se cortó con dos enzimas (digestiones dobles).