Introducción

Jmol nació como una miniaplicación (en inglés, applet), es decir, un programa escrito empleando el lenguaje Java y que se ejecuta dentro de una página web.  Permite la visualización de modelos moleculares en páginas web a partir de archivos de coordenadas moleculares incluidos en dichas páginas.

La falta de Java en muchos equipos ha llevado al desarrollo de JSmol, que tiene las mismas prestaciones pero no requiere Java..

JmolJSmol
Los archivos de coordenadas moleculares que lee JSmol tienen formatos correspondientes a distintos programas de visualización molecular. El formato más corriente para estructuras de proteínas y ácidos nucleicos determinadas experimentalmente es el de la base de datos Protein Databank (PDB) mantenida por el consorcio internacional wwPDB.

Básicamente todos ellos son  archivos en formato de texto donde se encuentran una serie de números y letras que definen los tipos y situación espacial de los átomos y los enlaces que posee una molécula. Estos valores se determinan por resonancia magnética nuclear (RMN) o por difracción de rayos X. La creación de archivos de coordenadas moleculares de biomoléculas a partir de ellos es muy compleja y la llevan a cabo especialistas en macromoléculas utilizando complicados programas informáticos.
Jmol y JSmol han sido creado por voluntarios y son de libre distribución y código abierto. Son compatibles con muchas de las instrucciones de RasMol, un programa de visualización molecular creado por Roger Sayle de la Universidad de Edimburgo y el Departamento de Estructura Biomolecular, Investigación y Desarrollo de Glaxo, en Greenford, Reino Unido.

¿Qué hace Jmol? A continuación lo vamos a ver

  • La imagen de la izquierda es simplemente una imagen estática de un modelo molecular.
  • En el recuadro de la derecha se puede ver la misma imagen pero visualizada mediante JSmol. Estos modelos moleculares no son imágenes estáticas, son "moléculas activas” y sobre ellas se pueden realizar distintas operaciones.

UN EJEMPLO:
Coloca encima de la molécula de la derecha el puntero del ratón, pulsa el botón izquierdo y mueve el ratón...

8-) ¡¡¡ESTÁS MOVIENDO LA MOLÉCULA!!!

Imagen no producida por JSmol "Imagen" producida por JSmol

A partir de ahora, siguiendo las indicaciones de las distintas
secciones de este apartado, aprenderás a hacer múltiples manipulaciones
sobre los modelos moleculares que se ven en esta web.