Grupos de átomos

• Activa el menú desplegable: coloca el puntero del ratón sobre el recuadro de la molécula y pulsa el botón derecho del ratón
  (o bien haz clic con el botón izquierdo sobre el logotipo "JSmol", o clic mientras mantienes pulsada la tecla Control).
   
• Elige la opción “Seleccionar” 
   
• Accede a una de las distintas opciones del menú 
   
• Posteriormente, una vez seleccionado un grupo de átomos, se puede acceder a la opción Estilo o Color. También se puede acceder de nuevo a Seleccionar.

• Todo: todos los átomos.
• Proteína:
  • completa, o bien sólo su esqueleto o sus cadenas laterales
  • todos los residuos polares, o los apolares, los ácidos, los básicos o los no cargados
  • todos los residuos de un aminoácido concreto
• Acidos nucleicos:
  • completos, o bien sólo su esqueleto (pentosas y fosfatos) o las bases nitrogenadas
  • sólo el ADN o sólo el ARN
  • todos los residuos de un nucleótido concreto (A, G, C, T o U)
  • todos los pares de nucleótidos A-T o bien los G-C o los A-U
• Grupos "hetero": los grupos que no son residuos de aminoácidos ni de nucleótidos (esto incluye ligandos, grupos prostéticos, cofactores, iones y el agua disolvente).
• Elemento: todos los átomos de un determinado elemento químico.

• Seleccionar > Invertir la selección: selecciona todo excepto lo que antes estaba seleccionado. 
• Seleccionar > Mostrar sólo lo seleccionado: hace desparacer el resto de átomos. (Si queremos ocultar lo selecionado, basta que hagamos invertir y luego mostrar.)
• Color > Átomos > : colorea todo lo seleccionado con el color que se elija (negro, blanco, familias de rojos, amarillos, verdes y azules, o uno de los patrones explicado antes).
• Seleccionar > Halos de selección: destaca todos los átomos seleccionados rodeándolos con un "halo" o reborde anaranjado. Esta instrucción sepuede aplicar antes o después de hacer la selección, y continúa vigente hasta que se desactive en este mismo menú.

Puedes practicar distintas opciones de Seleccionar con los siguiente ejemplos. Después de cada uno de los ejemplos devuelve el modelo a su aspecto inicial pulsando el botón "Restaurar".