Cómo preparar una página con Jmol usando la plantilla “Pop-in”

Preparación de la primera vista:

1. Abre la consola de guiones (pulsando el botón derecho, o con Control+clic si el ratón tiene un solo botón, > Consola).
2. Desplázate al último fotograma del archivo, bien usando el menú emergente (botón derecho > Modelo > 1.9) o bien escribiendo en la consola la instrucción “frame 1.9”.
3. Haz que se muestren las mediciones usando la instrucción “measure all connected (*)(*)”.
4. Guarda la vista resultante pulsando en el botón “Añadir estado actual de Jmol como vista...”, situado cerca de la esquina inferior derecha del diálogo.
5. En el pequeño cuadro de diálogo que aparecerá, escribe el texto que quieras que se muestre en el botón.  Sugerimos “Longitudes de enlace del etano”.  Pulsa “Aceptar”.  De este modo se añadirá esta vista a la lista situada en la ventana grande a la derecha del cuadro de diálogo.

Preparación de la segunda vista:

1. Elimina las mediciones usando el menú emergente “Medición > Mostrar mediciones” o bien la instrucción “measure off”.
2. Haz que se muestre el orbital molecular mediante el menú emergente “Superficies > orbitales moleculares > 1...25 > #9” o bien con la instrucción “mo 9”.
3. Activa el giro usando el menú emergente “Giro > Sí” o la instrucción “spin on”.
4. Guarda la vista pulsando en el botón “Añadir estado actual de Jmol como vista...”, situado cerca de la esquina inferior derecha del diálogo.
5. En el pequeño cuadro de diálogo que aparecerá, escribe el texto que quieras que se muestre en el botón.  Sugerimos “HOMO b del etano”.  Pulsa “Aceptar”.  De este modo se añadirá esta vista a la lista situada en la ventana grande a la derecha del cuaadro de diálogo.

Creación de la página web:

1. Verifica los contenidos de las cajas de texto a la izquierda del cuadro de diálogo (es posible que no los hayas ajustado tras haber hecho otra página web diferente).
2. Pulsa el botón “Guardar .html como...”, situado en la parte inferior izquierda.  Elige una ubicación y un nombre para la página.  (Sugerimos usar una carpeta "hermana" de la carpeta jsmol). En la carpeta que hayas elegido se grabará el archivo html que hayas indicado, así como varios otros archivos.
3. Verifica que tu página está bien abriendo en el navegador el archivo .html; deberá tener este aspecto.
4. Añade texto descriptivo, cambia el color de fondo,... cosas así.  Basta con que edites el documento .html.
   • Abre el documento .html en tu editor de páginas web favorito.  Sugerimos como editores: 
     • KompoZer (de código abierto, razonablemente bueno),
     • SeaMonkey (de código abierto, pero un poco más atrasado),
     • Amaya (de código abierto, completo, pero más difíciil de usar).
5. Ten cuidado al editar para no alterar la imagen de Jmol de la derecha o dentro de los cuadros (tablas) que contienen los botones.  Es fácil dañar el código javascript de modo que la página no funcione.
6. Hay un problema conocido con algunos de estos editores, que alteran el javascript de la cabecera de la página creado por Jmol.  Este problema se puede corregir editando manualmente el código fuente.  Busca el texto "one file;" cerca de la parte superior del archivo (probablemente esté cerca de la línea 38).  Reemplaza el punto y coma con un salto de línea <intro> y asegúrate de que la línea siguiente sea
   • var dataDir = ".";  //algunos comentarios.
7. Una vez que la página aparezca como quieres, copia la carpeta completa que la contiene a la carpeta o directorio adecuados en el servidor web.

¡Ya está!